Die Sammlung der Stadtbibliothek Mülhausen bietet eine Vielfalt, die für Henners Zeichenkunst charakteristisch ist: zunächst eine Vielfalt an Themen (Frauen, Nymphen, Badende, Porträts, Landschaften) sowie eine Vielfalt an Verwendungsmöglichkeiten (von der schnellen, skizzenhaften Kohlezeichnung bis hin zu präzisen Bleistiftstudien auf Pauspapier). Aber auch die Medien sind vielfältig und lassen sich in drei Kategorien einteilen: Zunächst einmal gibt es Zeichenpapiere, meist Velin, aber auch Vergé (dessen Wasserzeichen, ob figurativ oder nur typografisch, die Produktion des Papierherstellers kennzeichnet).
Pauspapier oder Transparentpapier war ein weiteres Medium, das Henner regelmäßig für vorbereitende Bleistiftzeichnungen oder Studien nach bestimmten Gemälden verwendete, um eine Replik oder eine Variante davon anzufertigen.
Innerhalb dieser Sammlung tragen alle J.-J. Henner zugeschriebenen Zeichnungen den Atelierstempel J.J. HENNER, der ihre Herkunft angibt, nicht aber, wie sie in die Mülhausener Sammlungen gelangten. Man kann die Spur suchen, indem man die Kataloge des Musée des Beaux-Arts de Mulhouse und das wertvolle Bulletin de la Société Industrielle de Mulhouse miteinander vergleicht. Im Jahr 1905, dem Todesjahr des Künstlers, heißt es dort: "Die Herren Jules Henner und Wetzel widmen uns zwei Gemälde und einige Zeichnungen, die aus Henners Atelier in Bernwiller stammen".
Eine dritte Kategorie, die unter den Zeichnungen in der Bibliothek vertreten ist, sind wiederverwendete und gebrauchte Papiere. Sie zeugen von Henners energischen Skizzen des Alltags, die manchmal zwei Skizzen nebeneinander oder sogar auf beiden Seiten des Materials zeigen. Besonders erwähnenswert ist eine Reihe von Skizzen und Zeichnungen auf Packpapier, wie die Studie für Liegende Nymphe (1896), auf deren Rückseite ein Stück eines bedruckten Etiketts verbleibt. Am ungewöhnlichsten ist jedoch zweifellos eine Gruppe von drei Skizzen auf Sandpapier, wie die Kohleskizze einer halbnackten, stehenden Frau im antiken Stil, die an Die Nymphe (1901) erinnert, aber vor allem dieses interessante Paar Skizzen von Flötisten, Figuren aus Idylle (1872) oder Eglogue (1879), die mit Kohle, Rötel und weißer Kreide auf der nicht abreibenden Seite von Sandpapierstücken gezeichnet wurden. Das Henner-Museum bewahrt nur wenige Exemplare dieser ungewöhnlichen Medien auf.
In der reichen Sammlung von Drucken der Bibliothek von Mulhouse gibt es eine Reihe von Drucken nach Werken von J.-J. Henner (Holzschnitte, Radierungen, Heliogravuren oder auch Fotogravuren des Mulhousers Adolphe Braun), die beweisen, dass die Zeichnungen von J.-J. Henner das Interesse seiner Zeitgenossen weckten.