Warnkoenig fut d'abord durant dix ans professeur à l'université de Liège puis enseigna de 1827 à 1831 le droit romain et la philosophie du droit à l'université d'État de Louvain et continua sa carrière de 1831 à 1836 à l'université de Gand. Il est considéré comme l'un des plus brillants représentants de l'école allemande d'histoire du droit au même titre que Gustave Hugo ou Savigny.
Il est le fondateur de l'école d'histoire du droit national belge dont il a étudié les sources. Après la suppression de l'université d'État de Louvain, il alla enseigner dès 1836 à l'université de Fribourg où il succéda à Jean-François-Michel Birnbaum qui fut tout comme lui professeur à l'université d'État de Louvain. Il y termina sa carrière de professeur en 1844.
Le fonds Léopold Auguste Warnkoenig, d’une richesse exceptionnelle, a été acquis par la Bibliothèque nationale et universitaire auprès de l’un de ses descendants en 1888. Il constitue une source de premier ordre pour l’histoire de la pensée juridique européenne et sur les relations entre les juristes français et allemands au 19e siècle.
Mené en partenariat avec l'Université Bordeaux IV, sous la direction scientifique des professeurs Frédéric Audren (chargé de recherche au CNRS, École de droit de Sciences Po et Centre d’études européennes) et Nader Hakim (professeur à l’Université Montesquieu Bordeaux IV, CADH), avec le soutien de Jean-Louis Halpérin (professeur à l’École normale supérieure, rue d'Ulm) et de Céline Pauthier (maître de conférences à la Faculté de droit de Strasbourg), ce projet conduit en 2012 a permis de numériser l'intégralité de ce fonds très important notamment pour comprendre la naissance en 1819 de la première revue scientifique juridique, la Thémis ou Bibliothèque du jurisconsulte, fondée avec Birnbaum et Holtius.
